標題PCR擴增儀的選擇三

梯度PCR

對于一個PCR反應，雖然有各種各樣的PCR引物設計軟件或者經驗公式計算最適的退火溫度，可是由于模版中堿基的組合千變萬化，對于特殊片斷，經驗公式得到的數據不一定能"P"出來結果，細微的變化對結果都可能產生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問題。梯度PCR的出現部分解決了一些問題——在反應過程中每個孔的溫度控制條件可以在指定范圍內按照梯度變化，根據結果，一步就可以摸索出最適合的反應條件。不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以優化——對于多種聚合酶混合酶擴增如Invitrogen、Clontech、Promega的多數高保真Taq酶來說這個非常重要，因為Taq和校正酶的最佳反應溫度可能有顯著差異，優化延伸溫度就顯得很重要。多次實驗可在一臺儀器上完成，既節省實驗時間提高效率，又節省實驗成本。

對于帶梯度功能的PCR儀，需要考慮梯度模式下不同梯度管排間的溫度均勻性和準確性，還必須考慮儀器在梯度模式和標準模式下是否具有同樣的溫度特性。這種差異可能導致在梯度模式下得出的最佳條件與標準模式下單獨做的結果出現差異。SteadySlope技術是eppendorf擁有的梯度PCR技術專利，可以同樣的溫度變化速率到達所有設定的梯度溫度，所以在梯度模式下具有恒定的溫度性。這一技術保證了在梯度模式和普通模式之間可以進行可靠的信息傳遞，不會因為溫度特性不同而導致產量和特異性的變化。MJ公司沒有付專利費而選擇在梯度模式下采用不同的降溫速率，每個梯度溫度之間的溫度曲線不同，從梯度模式向普通模式進行轉換的可能會出現問題。此外采用TCT（三組回路）技術的梯度PCR儀由于在梯度PCR模式下增加了一個加熱和冷卻的控制區域，保證了梯度溫度控制的精確性并使不同梯度管排間的溫度均勻性更好。

在PCR儀上增加原位PCR模塊就可以在玻片上進行原位PCR擴增，MJ和eppendorf的PCR儀都有提供原位適配器以滿足不同需要。購買配有支持原位PCR模塊的PCR儀對從事醫學研究的工作者是很值得的，一機兩用。

此外，隨著基因組高通量研究的需求的提高，各品牌都推出了多槽式高通量PCR儀，各有特長：MJ有一種一拖四，就是1個主機帶4個擴增槽，每個槽可以獨立控溫，一次可以作96x4個樣品的PCR，不過一旦出現問題4個都不能用了。ABI則在原來的9700的基礎上推出了雙384孔的基座，一次完成384x2個樣品，使得9700的功能又擴展到高通量領域而無需購買新的機器，可惜兩個384槽不能獨立控溫。eppendorf則有一個控制面板，可以控制5個獨立的PCR儀，每臺機器可以聯合，而且互不影響，但是比較浪費空間。

二、儀器的功能性和人性化設計

當然是越簡單方便的設計最符合用戶的要求。

熱蓋——現在的PCR儀一般均配備熱蓋，熱蓋溫度設為105℃，使樣品管頂部的溫度達到105℃左右，蒸發的反應液就不會產生凝集在管蓋上而改變反應體積，這樣用戶就無需再向反應管內加石蠟油，直接減少后繼反應的麻煩。如果是旋轉加壓的熱蓋就要特別小心，因為壓力到達時沒有明顯的提示，用戶需要根據經驗將熱蓋旋到合適位置，不太容易掌握。如果過松，熱蓋沒有充分接觸反應管而影響結果；如果過緊，則會導致反應管變形，甚至可能造成熱蓋的機械故障。最新的ESP技術是指熱蓋加熱時不接觸樣品管，避免加熱樣品管導致非特異產物，等加熱到設定溫度后熱蓋下降，將樣品管壓入加熱模塊，下降時間和壓力都由電子控制。

樣品基座——PCR反應多在0.2或者0.5的管子中進行，多數PCR儀也配備了不同的可更換樣品槽適配不同的樣品管。eppendorf有一個有趣的設計，一個槽內帶有0.2和0.5兩種不同樣品孔，不需更換基座就可以分別使用兩種不同的反應管，或者96孔板，加原位適配器就可以變成原位PCR了。避免了換基座的麻煩。當然不同的反應管不可以同時使用的，因為高度不同，熱蓋不能作用。ABI的9700就可以更換不同的樣品槽，樣品槽系列擴增到從0.5到標準96孔，到雙384孔板，分別適合不同的需要，相當靈活。

軟件——新的PCR儀都比較注重程序編寫的簡易性。大屏幕，顯示實時信息，倒計時，記憶存儲多個程序、自動斷電保護等都有助于實驗室中的復雜環境使用。程序儲存方面，有人覺得儲存程序的多少似乎意義不太大，但是對于實驗人員多、PCR儀每天運作頻繁的實驗室來說，每個使用者獨立儲存自定義的PCR程序，確實能方便下一次的調用，會節約一些時間。

綜合考慮，一臺PCR儀選購的關鍵還是在于用戶自己的要求，有些功能可能都用不上或很少用，用戶需要仔細斟酌，畢竟是一分錢一分貨。