培養細胞一經污染，大都較難處理。假如污染細胞價值不大，宜棄之；有細胞株留存的或可購置的，可在尋找原因后徹底消毒操作室，復蘇或重新購置細胞，再培養。若污染細胞價值較大，又難于重新得到，可采納以下辦法根除。
（一）運用抗生素
抗生素對殺滅細菌較有用。聯合用藥比單獨用藥作用好。防范用藥比污染后再用藥作用好。防范用藥一般用雙抗生素（青霉素100u/mL加鏈霉素100μg/mL），污染后根除用藥需選用大于常用量5～10倍的沖洗法，于加藥后作用24～48小時，再換常規培養液。
此法在污染早期或許有用。所用抗生素品種除青霉素、鏈霉素外，還可用慶大霉素、卡那霉素、多粘菌素、四環素、制霉菌素等。常用400～800μg/mL卡那霉素或200μg/mL四環素處理，每隔2～3日換液1次，傳1～2代進行治療。
近年來有報導，4-氟，2-羥基喹啉（Ciprofloxacin,Cip）、截耳素衍生物（Pleu-romutilinderivative,BM-Cyclin2:BM-1和四環素衍生物（BM-2）等三種抗生素單用或合用對殺滅支原體有用。
這三種抗生素均用配成250X濃縮液，-20℃保存備用，運用濃度Cip為10μg/mL，BM-1為10μg/mL，BM-2為5μg/mL。運用時先吸除污染的培養液，參與含BM-1的RPMI1640培養液，3天后再吸除培養液，參與含BM-2的RPMI1640培養液，培養4天，如此接連3個輪次，直至用33258熒光染色鏡檢證明已根除支原體后，再加正常培養液培養傳代3-4次。
