誤區一：重復使用含 DEPC 的水處理槍頭、離心管等。
由于 DEPC 較貴，而且書上說 DEPC 要用高壓滅菌處理去除，于是有些人就萌發了重復使用 DEPC 的想法，即對含有 DEPC 的水不進行高壓滅菌，從而重復使用含 DEPC 的水處理槍頭、離心管等。
節約本是好事，但這樣的節約是無效的。為什么不能重復使用含 DEPC 的水？因為 DEPC 在水溶液中不穩定，極易分解，DEPC 在 pH 6.0 和 pH 7.0 的 PBS 緩沖液中的半衰期分別約為 20 min 和 10 min，DEPC 在水中的半衰期約為 30 min。因此，重復使用含 DEPC 的水就不能保證槍頭和離心管的 RNase-free。
誤區二：必需長時間高壓滅菌來徹底去除 DEPC。
用 DEPC 處理過的溶液，在 15－20 min 的高壓滅菌后還可以聞到一股特殊的香味，因此有人認為高壓滅菌去除 DEPC 不徹底，所以要延長高壓滅菌的時間以完全去除 DEPC。
但是延長高壓滅菌的時間并不需要，因為聞到的特殊香味不是 DEPC 的，而是 DEPC 分解產物之一的乙醇同溶液中殘留的微量的羧酸（如甲酸和乙酸等）反應產生的揮發性脂類。這種特殊的水果香味不代表有痕量的 DEPC 殘留。
誤區三：溶液中 DEPC 含量約高，滅活 RNase 的效果越好。
這個誤區錯了一半，的確，1% DEPC 能滅活高達 1000 ng/ml 的 RNase A，而 0.1% DEPC 只能滅活少于 500 ng/ml 的 RNase A。但是溶液中殘留的 DEPC 副產物會抑制一些酶反應，例如 DEPC 副產物會抑制體外轉錄反應，因此 DEPC 含量越高，高壓滅菌后的 DEPC 副產物就越多，抑制越明顯。
