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膜蛋白的存在使細胞與胞外環境或細胞與細胞之間的“交流”得以實現。超過25%的人類蛋白擁有完整的膜結構域,這些蛋白中許多在醫學上非常重要,因為幾乎一半的藥物靶點都包含一個膜結構域。通過膜蛋白的三維結構可以描述它的分子機制和加速以它為靶點的藥物分子的研發。
盡管解析蛋白結構的方法有了很大進步,但大部分神經元突觸前膜蛋白抗體的三維結構還是未知的。有效而精確的預測膜蛋白三維結構的計算方法將是現存實驗方法的重要補充。
5月10日, Cell在線發表了哈佛醫學院等多家科研機構的一篇題為《Three-Dimensional Structures of Membrane Proteins from Genomic Sequencing》的研究文章,作者指出隨著大規模測序技術的快速發展,通過最大熵法,更精確、更全面的來自遺傳變異的演化限制的蛋白結構信息將被解譯,大大拓寬了用于建模的轉膜蛋白的目錄表。
作者通過最大熵法僅僅通過L-氨基酸氧化酶,氨基酸序列預測了過去未知的11個轉膜蛋白的三維結構;還通過重新計算來自23個家族的已知轉膜蛋白來測試最大熵法,證明了這種方法應用于大分子轉膜蛋白的準確性;最后介紹了這種方法怎么用于預測轉膜蛋白的寡聚體、功能性位點、構象改變
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