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齊一生物:關于需鈉弧菌替代傳統模式生物大腸桿菌的研究
屢屢把科學界嚇一跳的遺傳學大神George Church。圖片來源:Harvard University
自打在131年前被發現以來,大腸桿菌就一直充當著微生物學基礎研究急先鋒的角色,其易于培養且安全性高的特點更是贏得了科學家的廣泛青睞——作為模式生物,大腸桿菌的四個株系在實驗室環境下表現良好,并且喪失了感染人類腸道的能力。此外,大腸桿菌繁殖速度比較快,在適當的條件下,差不多每20分鐘數量就能翻一番。不過,大腸桿菌之所以如此受歡迎,更多則是習慣使然——它是文獻里的老面孔,所以給人的感覺就是非?孔V。
“我們之所以愛用大腸桿菌,不過是因為我們*了解它。”此次與Church聯手的哈佛大學遺傳學家Henry Lee這樣說道。每次看到搞基因組研究就不得不耐心等待那些小不點生長,Henry Lee都煩心不已。這種現狀促使他試圖找出更好的替代物,結果便是,他將目光投向了需鈉弧菌,條件適宜時,這種細菌差不多每10分鐘數量就能翻一番,比起大腸桿菌速度要快上1倍。
大腸桿菌的SEM圖像。圖片來源:Rocky Mountain Laboratories/NIAID/NIH
需鈉弧菌和霍亂弧菌(Vibrio cholerae)在同一個屬,后者正是導致霍亂的元兇。不過,并沒有證據表明需鈉弧菌對人體有害。實際上,有證據表明,需鈉弧菌很難被噬菌體感染,不會產生霍亂毒素。
為了鼓勵其他實驗室也用上需鈉弧菌,Lee等人已率先完成了該菌基因組的測序工作(還給出了培養條件的相關信息),并將其公之于眾。他們甚至發展出了一種可運用于需鈉弧菌的CRISPR基因組編輯體系。“為了讓需鈉弧菌成功取代大腸桿菌,我們算是絞盡腦汁。”Lee說。
雖然整個微生物研究界對Lee和Church的大膽計劃頗為看好,但同時也持謹慎態度。哥倫比亞大學生物學家Harris Wang一直使用大腸桿菌進行合成生物學和基因組學的研究,他覺得還需要進一步研究需鈉弧菌基因組的穩定性,比如看看多代后的情況,此外得觀察一下該菌的含鹽生長環境是否會對實驗對象(如提純的DNA)帶來影響。“不管怎樣,我覺得做這種嘗試是挺有意義的,如果未來需鈉弧菌或其他的什么菌真被證明是一個更好、更有用的平臺,那就太棒了!”Wang說。
密歇根州立大學的生物學家Richard Lenski是研究大腸桿菌的行家,他也對需鈉弧菌頗為期待,盡管他并不確定研究者從需鈉弧菌超強的繁殖能力中到底能獲得多少實際利益。“究竟有多少科學研究受制于實驗用菌的生長繁殖速度,這我也說不上來,”他說,“但時間終究會告訴我們真相,而且多了解一些關于這種生物的知識,本身也是樂事一樁。”