（A）熒光原位雜交實驗結果顯示的 lnc-Crot 和 Crot 的亞細胞定位。（B）熱圖顯示從 4C-seq 中得到的 5 號染色體上和 lnc-Crot 相互作用的基因在兩個時間點之間沒有顯著差異。（C）工作模型示意圖，展示節律 lncRNA 所標記的增強子通過長程相互作用，介導結合在其上的節律轉錄因子的功能來發揮節律調控功能。

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（Nucleic Acids Research）期刊在線發表了中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心、中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所嚴軍研究組題為 A class of circadian long non-coding RNAs mark enhancers modulating long-range circadian gene regulation 的論文。該項研究揭示了一類節律表達的長非編碼 RNA（lncRNA）標記了基因組上可以介導長程染色質相互作用的增強子，并通過這種相互作用調節了節律基因的表達。

晝夜節律（circadian rhythm）是一種 24 小時的周期性生理現象，可以通過在轉錄水平、轉錄后水平等多種層次上調控基因表達，來調節動物的許多生理與行為過程。lncRNA 是一類長于 200 堿基的非編碼 RNA，它們具有很強的組織特異性，已被發現在諸如基因組印記、細胞周期、腫瘤發生等多種過程中發揮作用。以往節律基因的調控主要集中在蛋白編碼基因，雖有個別節律表達的 lncRNA 被發現，但缺乏對節律 lncRNA 的系統性研究；因此在該研究中，嚴軍研究組以小鼠肝臟組織為主要對象，系統地尋找了節律表達的 lncRNA 并探索了它們的節律調控功能。通過肝臟組織 RNA-seq，研究者們系統性地拼接注釋了肝臟中表達的 lncRNA，并篩選出在一晝夜中節律表達的 lncRNA。通過分析組蛋白修飾信號標記的增強子區域，發現節律 lncRNA 顯著富集出現在增強子區域，顯示出兩者的關聯，并且這些區域有兩個非常重要的節律轉錄因子 BMAL1 和 REV-ERBα的結合位點。節律 lncRNA 在增強子區域的富集不止存在于小鼠肝臟，在小鼠胰腺和大鼠肝臟中都有發現這種關聯。這些節律 lncRNA 與附近基因在一天中的表達有非常相似的節律相位和非常高的相關性。通過比較 lncRNA 與蛋白編碼基因的亞細胞定位，發現 lncRNA 的表達量在細胞核中的富集程度要高于蛋白編碼基因（如圖 A 所示），但低于增強子 RNA（eRNA）。此外，通過大鼠和小鼠節律轉錄組的比較分析，發現雖然 lncRNA 的序列本保守性較低，但節律 lncRNA 轉錄的位點仍然是趨向于保守的。研究人員找到一個候選節律 lncRNA，命名為 lnc-Crot，通過環形染色質構象捕捉技術（4C-seq）發現 lnc-Crot 所在的這個超級增強子區域與染色質上許多基因有長程相互作用（如圖 B 所示），而這些基因許多都參與代謝過程，且節律峰點富集在與 lnc-Crot 峰點接近的時間，表明這些相互作用在基因功能和節律表達上的作用。進一步在細胞系中的實驗中發現 lnc-Crot 的增強子介導了結合在其上的轉錄因子 REV-ERBα的調控功能。該研究以組學的手段對節律 lncRNA 系統性的分析揭示了節律 lncRNA 標記了一類活躍的增強子，這些增強子通過長程相互作用調控基因的表達，這種長程相互作用相對穩定，但通過結合在其上的節律轉錄因子實現對基因的節律調控 （圖 C），這些節律 lncRNA 的注釋也為進一步探索它們在節律中的功能打下了基礎。