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單細胞測序細分腫瘤亞型-齊一生物
單細胞測序是逐個細胞進行的 RNA 轉錄分析,能夠對腫瘤生物學提供更有力的洞察力。但是因成本的限制,只能用在有限數量的腫瘤細胞上。
研究團隊設想,結合從有限的腫瘤細胞數量上獲得的單細胞 RNA 數據,與已有的大規模研究產生的表達數據相結合的辦法,或許能揭示出一些腦癌相關的生物學信息。
星形細胞瘤和少突膠質細胞瘤都被認為是不治之癥,但手術和放療可明顯延長生存期。這兩種腫瘤被認為是由支持和保護神經元的神經膠質細胞的亞型發育而來的,但在遺傳學、外觀和基因表達方面都有所不同。雖然這兩種類型的腫瘤都含有類似的神經膠質細胞,它們也都含有該細胞類型的標記,這就引起了人們對它們起源于不同類型細胞這一普遍看法的質疑。
研究團隊對 10 例星形膠質瘤樣本中的 9800 個細胞和 6 例少突膠質瘤樣本中的 4300 個細胞進行了單細胞 RNA 測序。再結合癌癥基因組 Atlas 中的 165 例轉錄組數據,研究人員發現,兩種腫瘤都含有 3 種癌癥細胞:非增殖性細胞(nonproliferating cells)、類神經干細胞(resemble neural stem)和祖細胞(progenitor cells)。其中的非增殖細胞被細分為星形膠質細胞樣和少突膠質細胞樣。而不同之處主要是遺傳學差異,以及腫瘤微環境(如特異性免疫細胞豐度等)組成不同。
文章的通訊作者 Mario Suvà 大夫介紹:“我們的研究重新定義了兩種密切相關膠質瘤的細胞組成,它們是以 IDH 基因突變為特征的星形細胞瘤和少突膠質細胞瘤。雖然我們知道它們是基因不同的腫瘤類型,但我們不知道它們是否有類似的起源細胞,或者它們的表達差異是否可以由遺傳學、它們發育起源的細胞、或腫瘤微環境來解釋。”