發酵類制藥生產工藝過程產生的廢水污染源主要來自菌渣的分離、藥物的提取、精制、溶劑的回收和設備及地面沖洗水等過程產生的各種廢水。其廢水中的污染物主要是發酵殘余物，包括發酵代謝產物、殘余的消沫劑、NH3-N、凝聚劑和殘留的藥品及其降解物以及在提取過程中進入廢水中的各種有機溶劑、破乳劑和一些無機鹽類等。

化學合成類制藥工藝中，企業往往使用多種優先控制污染物作為反應和凈化的溶劑，包括苯、氯苯等。其廢水主要來源：工藝廢水，如失去效能的溶劑、過濾液和濃縮液；地板和設備的沖洗廢水；管道的密封水；洗刷用具的廢水；溢出水。清洗水中包括未反應的原材料、溶劑，并伴隨大量的化合物，化合物隨化學反應的不同而不同(如硝化、氨化、鹵化、磺化、烴化反應)。綜上可知，化學合成類、發酵類等制藥企業廢水中含有藥物殘留、藥物中間體、制藥過程中使用的活菌體以及有毒有害物質等特征污染物，通過廢水排放等途徑進人環境，對水體生態及人民群眾的身體健康具有潛在的巨大威脅。

制藥廢水中的藥物殘留及其他化學物質對生物是否有影響，并且如何評價影響的大小。發酵類制藥、化學合成類制藥是制藥行業的污染控制和難點。發酵類藥物的生產廢水中含有高濃度的發酵殘余物、破乳劑和殘留抗生素效價以及藥品提取過程加入的各種有機溶劑和無機鹽，廢水成分十分復雜、碳氮比例嚴重失調，含有大量硫酸鹽、抗生素效價等生化抑制物，中間代謝產物和提取殘留物濃度，大量母液間歇排放導致水量、水質波動很大。以發酵類抗生素工業廢水為例，其廢水特點是含有高濃度的有機物、硫酸鹽、多種抑制物，碳氮比低，難降解有毒物含量高，廢水水質和污染因子由于產品種類的不同而不同。

發酵類廢水水質成分復雜，有機物濃度高，溶解性和膠體性固體濃度高，pH值波動性大，溫度較高，帶有顏色和氣味，懸浮物含量高�；瘜W合成類藥物的生產過程主要以化學原料為起始反應物，通過化學合成先生成藥物中間體，然后對其結構進行改造和修飾，目的產物，然后經脫保護基、提取、精制和干燥等工序終產品。因使用原料多，合成過程長，裝置排污形式多樣，廢水成分常有幾十種或上百種，毒物濃度和pH變化大，產品品種多、產量變化大，廢水水質、水量變化大。