在過去十年，蛋白質組學有了很大的發展。隨著更高靈敏度、更高分辨率質譜儀的開發，蛋白的抽提、純化和鑒定有了突飛猛進。此外，比較和定量蛋白質組學技術也在不斷成熟，不再局限于利用基因組學技術評估基因表達的差異。

然而，與基因組不同，某一生物體的所有細胞都是相似的，而蛋白質組卻在不同細胞中差異很大。而且，對于蛋白質，還沒有類似PCR的擴增機制被開發出。因此，科學家們也在不斷地開發方法，從極少量的樣品中抽提、分離并檢測蛋白。

在這一期的《冷泉港實驗方案》(Cold Spring Harbor Protocols)上，杜克大學的Erich Jarvis及其同事介紹了一種微量蛋白質組學(microproteomics)的方法，對激光捕獲的少量細胞進行定量蛋白質組圖譜分析。

過去，蛋白質組學的研究對象一般是數萬個細胞，而Jarvis的這種方法能夠對低至1000個細胞進行分析。他們利用納米級的液相色譜串聯質譜(nano-LC-MS/MS)，能同時鑒定并定量少量組織樣品中的數百個蛋白。將LCM切割的組織進行蛋白抽提、還原、烷基化和消化，接著注射到nano-LC-MS/MS系統進行色譜分離和蛋白鑒定。

此方法包含多個步驟，包括通過LCM進行組織分離、蛋白抽提和消化、蛋白定量、蛋白鑒定和生物學驗證研究人員使用這種方法，篩選了來自鳴禽的兩類腦干運動核的蛋白質組學差異。他們利用納米級毛細管LC/MS/MS對肽段消化物進行了分析。分析類型的選擇也有很大差異，這取決于已有的硬件和分析工具。他們建議使用高分辨率、高質量準確性的質譜儀，如四級桿或Orbitrap儀器。這些系統能產生高度靈敏的分析，蛋白假陽性率低，并實現準確的樣品間定量。

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